Подскажите, если из Казахстана выехать раньше 90 дней пребывания (не полностью исчерпать дни), потом заехать, ещё 90 дней будет?

Нет, не будет. Смотрите, эти 180 дней стартуют от даты первого въезда. Например, вы въехали 1 апреля на 10 дней и выехали. В течение 180 дней от 1 апреля вы можете ещё 80 дней пробыть суммарно за все визиты.