если я переезжаю в германию по blaue karte работать на немецкую компанию - я могу например иметь в России статус самозанятого и иметь небольшую подработку? Как в этом случае будет работать налогообложение в обеих странах?

Её надо будет отражать в декларации.

Да, на сколько я понимаю без проблем. Если сторонний доход небольшой, то не берите в голову. По приезду организуете консультанта, он вам все распишет. Это для небольших доходов не срочно и можно сделать по итогам года.