возможно ли документы в Штудиенколлег подать физически, то есть находясь в Германии привезти в нужные сроки, не связываясь с Юни ассистом? Или это у коллега спрашивать нужно?

Конечно, можно уточнить у коллега, но я бы не рассчитывал. Униассист снимает головную боль проверки документов с коллега, им не важно где вы территориально находитесь. Униассист не просто передает документы, он их сначала проверяет на полноту и проч.

Если подача через ассист, то подать можно только так. Дело не в личном присутствии, а в том, кто и как документы обрабатывает.