Может кто сталкивался и подскажет - если из Хельсинки транзитом через Стамбул лететь в Прагу, то при вылете из Хельсинки надо проходить пограничный контроль, ставить отметку о выбытию из зоны Шенгена?

Вы уже в Хельсинки? Тогда зачем вам транзит, в Прагу можно напрямую. А если вам еще надо попасть в Финляндию, то транзит в Шенгена не разрешен гражданам России с визой С. И из Стамбула в Прагу вы не попадаете, если у вас нет оснований для въезда в Чехию.

В Прагу через Стамбул с визой С Вы не попадете.

Да, вы проходите пограничный контроль, и вам ставят штамп о вылете из шенгена. Про остальное уже написали. Транзит сомнительный, посмотрите вариант рядом с Чехией.