Куплен раздельные билеты у Пегасуса : "Марсель- Стамбул" и "Стамбул- Москва". Две разных брони. Как раньше- единый билет они больше не продают.

Здравствуйте! Вероятно, оператор ввел вас в заблуждение. Раз у вас два разных сегмента, как следствие два кода бронирования, то и багажные бирки на чемодан должны быть разными (код бронирования на них дублируется). Без объединенной брони системы авиагавани просто не поймут, что ваш багаж должен ехать куда-то дальше. Вернее всего будет спросить сотрудника за стойкой регистрации, он вам точно скажет, до какого пункта зарегистрировал ваш багаж)