Подскажите, если я нахожусь в ожидании визы D Испании непосредственно в Испании, моя туристическая виза действительна до марта, но 90 дней уже истекли если я полечу по территории Европы - будут ли считать 90 дней?

Если вы летите без багажа и регистрируетесь сами на рейс, то паспорт у вас посмотрят только при посадке. Могут сравнить только имена на паспорте и на билете, а могут заморочиться и посмотреть весь паспорт, если им что-то не понравится. Обычно такого не бывает, но да, на ваш страх и риск.

Когда я летала из Испании в Португалию и обратно - смотрели визу.