Если есть открытая шенген виза и контракт с португальской компанией - можно ли на месте будет оформить d1 визу или легализоваться как-то? или при любом раскладе подаваться только по месту резиденции, те - в РФ?

D1 можно запрашивать только из страны гражданства. Если в Португалии запрашиывть внж это будет статья 88.2 и ждать несколько лет внж не выезжая из страны.

Здравствуйте. Въедете по туристической визе, начнёте рабочую деятельность по контракту, NIF и NISS уже есть, как я понял, запросите открытие банковского счёта для получения зарплаты. Загрузите требуемые доки и желательно с первым зарплатным приходником в SEF онлайн на подачу резиденции. Присвоят номер манифештасао. Находясь в Португалии.