Я буду работать на армянскую компанию, но жить не в Армении. 1. Это разрешение на работу нужно или ВНЖ через ИП? 2. Как с налогами?

Пока вы резидент РФ вам надо подать справку что вы в РА заплатили ндфл( он тут выше чем в Рф), а если резидентсво потеряете то вообще ничего не надо.

Но вы должны платить налоги в стране резидентсво, если это не Рф и РА узнавайте что там.