Правда ли то, что отель не может зарегистрировать так чтобы пробыть в Казахстане 90 дней? Даже если пробыть в Казахстане 90 дней обратно можно вернуться только побыв в РФ?

Отель обязан выслать уведомление о прибытии иностранца. Иначе их оштрафуют. Выезжать можно на день, полдня, в тот же Бишкек. Так срок пребывания обнуляется. Пока эта схема работает.

Если вы в гостинице или в арендованном жилище - сохраняйте документы, чеки. По закону принимающая сторона ставит на учёт (закон такой) Если сильно переживаете можете лично пройти в миграционную службу, там все объяснят.