Если я резидент Испании и у меня ИП в России с налогообложением 6% от оборота. Должен я буду доплачивать в Испании налоги?

Да.

Зависит от вида деятельности ИП Смотрите Конвецию 1998 года об избежании двойного налогообложения.

Не доплачивать только, а платить по полной. По договору об избежании двойного налогообложения налоги по упрощенке не засчитываются. Если вы здесь хотите оплачивать с irpf как налоговый резидент то со всей суммы. Еще вопрос, как это все задокументировать в Испании. Если доходы от экономической деятельности, то нужно регистрировать предпринимателя -аутономо в Испании, со всей отчетностью и тд. Если деятельность зависит от России, то без ИП там тоже не обойтись.