Подскажите при полете с Пхукета на Бали через Куала-Лумпур, авиакомпании сами перегружают багаж или выдают его при едином билете?

Скорее всего они сами транспортируют багаж.

Скорее всего сами (если в пересадке не стоит «выход в город или что-то подобное») + лучше всегда все равно уточнять, на стойке регистрации.