если заехать в Хорватию с Болгарской визой перед 1 января , а после 1го реально будет улететь без погран контроля или на машине в остальную зону шенгена?

Да потому что в легально въехали в страну.

Когда-то вам придется покинуть зону шенгена. И вот там у вас точно проверят наличие визы. И если при выезде из Шенгена через Хорватию еще как-то смогут понять вашу ситуацию, что мол вы заехали до 01.01, то при выезде из другой страны очень большая вероятность схватить проблемы как человек, нелегально находившийся в Шенгене и соответственно последующий бан на въезд.