Подскажите пожалуйста, сын, в конце сентября приехал в Казахстан на поезде по российскому паспорту, загранник отправила ему по почте, снимает квартиру в Алма аты, где и как можно поставить штамп в загранпаспорт?

Если я правильно понимаю, штамп просто так не ставится. Надо снова выехать из КЗ по заграну и въехать обратно. В Бишкек ездят регулярные автобусы. Одним днём можно съездить туда-обратно.

Единственный законный способ, это выехать например в Киргизию, и заехать обратно по заграннику. Штамп это отметка о пересечении границы.