Подскажите кто-нибудь с паспортом РФ ездил в Прагу поездом? Проблем не возникало в связи с запретом на въезд в Чехию?

Ездили, не возникало.

Мы ехали на машине (чешские номера) через Австрию, остановили на проверку доков, но проверили ток у мужа. Приезд в Чехию через шенген не запрещ, так же из Чехии можно вылететь куда угодно. Нельзя только приехать из третьей страны.