Сестра летит в Испанию через Турцию с детьми, трое, виссоны в паспорт, но разрешения на выезд от отца нет, не успели сделать. Насколько это серьезно? Могут ли не выпустить?

Большая вероятность, что не выпустят. Попробуйте с собой в аэропорт взять отца детей ( с паспортом).

На выезд разрешение не нужно, почитайте на сайте погранслужбы.

Раньше было именно разрешение, но с прошлого года вроде его больше нет. Теперь если один из родителей против выезда детей за границу он должен поставить ограничение на выезд. Если он такое ограничение не делал, то разрешение не требуется. Это по российским правилам. Разрешение другого родителя может потребоваться для подачи на визу - но у вас уже похоже визы есть и если вы захотите, например на ВНЖ подать в другой стране. То в этой стране могут попросить бумагу от второго родителя, что тот не против, что дети будут в другой стране с вами жить. Мы с этим в Латвии столкнулись. Я подал документы, а у меня попросили подтверждение что жена не против. Но так как она задекларировалась по тому же адресу, то оформлять допбумажку не потребовалось в итоге.