Друзья , подскажите. JR не относится к метро? это только наземный транспорт? С JR pass я не смогу пользоваться метро в Осаке или в Токио, так?

Нужно смотреть в информации о пассе, в Токио много JR линий которыми я подозреваю должно быть можно пользоваться, тогда как например в Хаконэ линии хотя и вполне надземные но не принадлежат JR (как и много небольших линий по всей стране)

Можете, JR принадлежат некоторые линии метро. Но как сказали выше, не все, а только некоторые, надо смотреть точно.

Так. Ещё не сможете пользоваться ж/д линиями, если они не относятся к Japan Railways. Даже если они на земле, а не под землёй.

Есть удобный сайт, где можно строить маршрут, отмечая, что вам нужны именно линии JR. Как раз и можно будет понять, покрывается ли ваша поездка пассом. hyperdia. com. В Токио можно ездить с проездным как минимум по линии Яманотэ (кольцевая, соединяет крупные станции и центральные районы)