У меня два отдельных билета : один из Москвы в Стамбул , второй из Стамбула в Афины. С разницей в пару часов. Аэропорт в Стамбуле Новый. Надо ли мне при прилёте из Москвы выходить из Аэропорта и заново заходить в него?

Прилетаете на 1-й этаж, проходите со всеми границу и потом получаете багаж. 2 часа с багажом это впритык. Поднимаетесь на 2-й этаж в зону вылета. Там регистрируетесь и идете на досмотр и посадку. Если будете опаздывать- обратитесь к сотрудникам и покажите билет, они проведут.