Подскажите, пожалуйста, завтра будет 3-й день пребывания в казахстане. А поезд на 5-й день в Алматы. Могут развернуть или штраф выписать ? В миграционном отделе в полиции сказали, что вы якобы транзитом и в Алматы встанете на учёт. Так можно?

Можно. Делайте уже не месте. Только не затягивайте.

В Казахстане гражданам ЕАЭС можно пребывать без уведомления органов миграционной полиции до 30 дней. Если рассматривается более продолжительный срок пребывания, то нужно зарегистрироваться в течении 3 дней со времени прибытия.