Заехали на машине рф номера с целью подать на Икамет. Машину надо где-то регистрировать/декларировать в этот период, пока подаются документы и получается номер или только уже когда номер икамета есть?

С икаметом Регистрация. Но есть некий период, который Вы можете использовать автомобиль. Вроде бы 2 месяца.

Без икамета не зарегистрируете, они вам скажут - не наши проблемы. Как будет хотя бы в бумажной форме делайте ксерокопии всего что есть и на таможню.