Подскажите, а эстонцы пустят меня (гражданина Германии и РФ) и мою девушку (Только РФ) в Эстонию транзитом на перелёт в Германию?

Вам получается лучше через Турцию.

Германия пускает…. Какбэ очевидно, что Эстония не пустит вашу девушку.

Были бы шансы мизерные, если бы у вас было зарегистрировано сожительство на официальном уровне, просто сожительство = туризм.