Подскажите пожалуйста , если есть различия в одну букву I и Y в загран паспорте и стс на машину , не будет ли проблем при пересечении границы?

Вообще-то это разные буквы, совсем разные. Однако, в недавнем прошлом в ПО наших органов заменили Y на I, и это регулировалось приказами российских ведомств (напр. было Andrey, стало Andrei). Доведена ли эта информация до забугорных ведомств, большой вопрос. Эта информация для справки, может и пригодится, если у Вас именно в этом причина.

У меня не возникло. В паспорте I. В стс и правах Y. После Вашего вопроса обратил на это внимание.