на D7 можно подаваться через любое представительство Португалии в той стране, где у меня есть ВНЖ? Например, если есть ВНЖ Казахстана, могу подаваться там?

В теории да, но для начала стоит узнать если консульство пт в казахстане.

В Казахстане можно получить португальский шенген, но за Д визой надо ехать в Москву.