имеет смысл расматривать автобус для пересечения границы или лучше поездом, хоть он и совсем не удобем по времени?

Между городами Абхазии маршрутки, ценник от 50, до 300, смотря куда едете. В Адлер, до границы так же на маршрутке, а там уже либо на автобус пересесть (30р),либо такси. Но автобус не советую, они там битком набиты))

Вчера на автобусе границу за 15 минут прошла.

В яндекс-картах есть маршрут автобуса, примерная частота отправления и время поездки. На границе (после перехода) автобусы стоят всегда, отходят они друг за другом, больше 15 минут ждать никогда не приходилось. Идет автобус до аэропорта долго - неторопливо и много остановок. Так как здесь его конечная - сядете себе в сторонке и без проблем доедете, только уж на час пути точно стоит заложиться.