А если Сеул как транзит, только с выходом из транзитной зоны, получением багажа, и сдачей на рейс в Японию - насколько критичным момент отсутствия брони отеля в Сеуле будет аргументом отказать во въезде?

Так забронируйте недорогой отель с бесплатной отменой на всякий случай на букинге. Можно даже не в сеуле. В самом крайнем случае потеряете 500 рублей на отмене брони.

Думаю, если билеты можете предъявить, по которым понятно, что транзитом едете, то не критично вообще.