Можно ли прилететь из Венгрии в Эстонию на самолёте, с венгерским внж? Не будет такого, что на самолёт не посадят?

это возможно. Как будет у вас - никто не знает. Особенно отличился в таких ситуациях rayanair. Поэтому, по возможности, выбирайте другую авиакомпанию.