Подскажите, летим с ребёнком в Лиссабон через Стамбул, транзитом, согласие на вывоз ребёнка от папы есть на страны Шенген, в согласии не указана Турция, могут придраться таможенники?

Не должны. в безвизовые страны пускают с 1 родителем. а согласие на вывоз нужно как раз для визовых стран, чтобы визу делать.

Нет, летел с ребёнком по маршруту РФ-Турция-Испания-Португалия без всяких согласий 3 недели назад, нигде вопросов не возникло.

Нет, в Турцию не требуется согласие от второго родителя , если нет прямого запрета. Свидетельство о рождении оригинал нужен.