Скажите, чтобы хорватскую национальную визу получить, только в Котор ехать, или в Подгорице тоже можно?

В Которе все отлажено, а в Подгорице могут и всякого лишнего затребовать легко. Зайдите на сайт хорватского консульства, там список того, что надо, подготовьте и приезжайте в Котор, иногда в тот же день выдают.