Лечу до Бали с пересадкой в Мумбаи, надо ли делать пцр, наш сертификат о вакцинации они не принимают?

Надо.

У Индонезии нет требований к сроку действия. Значит не может быть просрочен.

Кажется, что там действуют правила финального назначения, если вы летите транзитом. А вот если с выходом в город, то все верно, не пустят.