А кто-нибудь делал апостилирование российского диплома в Германии, но при этом не являлся гражданином РФ? Как в таком случае происходит данная процедура?

Апостиль на документ делается в стране, выдавшей документ. При этом Ваше гражданство не играет никакой роли. Едете сами или передаёте через кого-то диплом в РФ и ждёте апостиль. Услуга стоит 2500 рублей, сроки ожидания непредсказуемые вообще.