Подскажите возможно ли с пмж в Германии остаться на ночь в Таллине для выполнения транзита в страну проживания на следующий день ? Или нужно в этот день/ночь делать транзит?

Там транзит сколько то времени даётся.... лучше всего спросить в пограничном пукте или по емайл.... Только не говорить что будете где то покупать что то или останавливаться в отелях... будете ждать самолёт... на скамейке.

Людей с ПМЖ в ЕС это не касается, Вы можете находиться в любой стране ЕС сколько угодно.