Лечу транзитом из Астаны в Сараево через Варшаву, визы нет, в транзите смогу быть, пустят?

Из аэропорта нельзя выходить. А так для транзита допустимо без визы.

Если через один аэропорт, то проблем не должно быть, просто будете в чистой зоне все время находиться.