Допустим, при регистрации в EE, или куда бы то ни было, я указал диплом мастера заверенный в WES. Когда я получу ITA достаточно будет только диплом мастера? WES не хочет эвалуировать мой бакалавр, но думаю с мастером такого не будет.

Будет достаточно. Вам дают баллы за высший уровень образования. Образование бакалавра тоже укажете в education history, просто отметите, что ECA нет, а в документы загрузите только диплом магистра (все равно там для всех образований одно поле).