с визой Д можно лететь в Испанию через любую страну шенгена? Или только прямыми рейсами?

Можно через любую, но если придется выходить из зоны вылета (например, чтобы зарегистрироваться на следующий рейс), то в некоторых странах могут требовать тест на отсутствие коронавируса...