Подскажите пожалуйста, есть ли разница в регистрации компании с нуля на Кипре и в регистрации филиала уже существующей в другой стране ? Чисто технически/юридически в плане сетапа.

С нуля в 10 раз легче и существенно дешевле, проблемы с полномочиями и переводами регистрационных бумаг, а выгода от филиала не понятна. Кипр и так позволяет налоги группы учитывать.