Правильно я понимаю, что запрет на въезд в Эстонию будет касаться только для направления из РФ в Эстонию? Если я буду уже находиться в Шенгенской зоне (Испания), то я смогу прилететь в Таллин, чтобы оттуда на автобусе выехать в РФ?

Конечно.

Внутри Шенгена ограничений нет.

Есть официальные разъяснения, что въезд в Эстонию из другой страны - участницы шенгенского соглашения разрешён, поэтому не посадить на рейс Вас не имеют права. Эстонцы ещё недавно отредактировали ответы на вопросы и как бы намекают, откуда к ним можно въехать….