Подскажите, если я в португалию полечу по краткосрочной визе другой страны, минуя саму эту страну, португалы не сочтут это нарушением? Можно по 89.2 будет подаваться? И внутри страны просить продления визы.

Не сочтут, но влетите и зарегистрируйтесь обязательно, чтоб доказать легальность, если из ЕС. Если не из ЕС летите, пучть штамп ставят на границе обязательно.

У меня такой же случай. Влетаю в Португалию по испанской визе. Из Эстонии. Хочу для регистрации заехать сперва в отель (который на Букинге есть) но всего на одну ночь. Как узнать что регистрация состоялась? Можно на ресепшен какой-то документ получить?