Нужен совет о том как уведомить сеф о том что у меня паспорт РФ поменялся. т. е ВНЖ получил на один паспорт, его срок действия истёк, я получил новый. В сеф на почту уже писал, они говорят - звоните и спрашивайте.

Никак. Ваш ВНЖ привязан не к паспорту. А к вам, к гражданину. У вас может быть несколько паспортов, они могут теряться, может истекать срок их действия и пр. Вы же всё тот же гражданин. Товарищ майор беснуется со своей бутылкой по ту сторону забора. Выдыхайте.