Подскажите, в случае если Эстония введёт запрет на въезд по шенгенским визами, возможно ли будет въехать в РФ через их границу - Нарва?

Если введут полный запрет на посещение даже с визами выданными другими государствами, то навряд ли. То есть вам по идее вообще будет запрещено находится на территории Эстонии. Ну либо это будет опять же отыгрываться с помощью формулировки "транзит".

Этого Вам достоверно никто не скажет, но, если проводить аналогию с теми ограничениями, которые есть сейчас, то можно будет въехать в Эстонию из другой страны шенгена и спокойно выезжать из неё в Россию.