Если автобус из Питера в Таллин (Люкспрес) по расписанию идёт 6 часов, это уже с таможней?

Люксы мелким шрифтом пишут что за границу они не отвечают. Поэтому расписание - без учета задержек на границе, которых может и не быть, а могут быть и многочасовыми.

Вообще-то нет, плюс границы по минимому 2-3 часа.