Я правильно понимаю, что можно ближе к истечению 90 дней подать доки на внж в РК, и даже если не одобрят, время проведенное в стране до принятия решения является легальным? И можно ли все документы подготовить не возвращаясь в РФ?

Здравствуйте. Во многих миграционках принимают на ВНЖ только с регистрацией (это не уведомление на 90 дней, а регистрация). Если документы на ВНЖ примут, то по талону Вы сможете продлить регистрацию на срок рассмотрения ВНЖ.

В консульстве можно взять справку о несудимости, получить загран паспорт и в Алмате даже взять справку вместо листка убытия, если её ещё в вашей миграционке просят. Но нельзя сняться с постоянной регистрации в РФ в консульстве. Если в миграционке будут требовать штамп о снятии, то этот вопрос придется решать.