Подскажите, пожалуйста, в билетах указывается время с учетом пересечения границы? Я взял нашел билеты на два часа позже прибытия в аэропорт.

Два часа довольно рискованно. На торфяновке бывает и по несколько часов стоят на границе. Обычно указывают время с прохождением границы, но время всегда разное.