Можно ли например в одном городе Казахстана быть зарегистрированным, а делать ВНЖ в другом городе?

Документы на ВНЖ по умолчанию подаются в то отделение миграционной полиции, где Вы будете прописаны. Даже не знаю, какие должны быть исключительные условия, чтобы они сделали исключение.