Если я еду из Питера на luxexpress, который выезжает в 6: 15, но я из Москвы и взяла билет на поезд, который приезжает в Питер в 4 утра на московский вокзал.

Не будет, там не нужно будет пересекать мост)

Московский вокзал и Обводный на одной стороне.

Они же на одном берегу эти вокзалы.

В этот раз вам повезло, вы на одной и той же стороне будете и авто вокзал от московского железнодорожного очень близко.