есть ли лимит разового снятия наличных в банкоматах Эстонии?

Это скорее зависит от лимита на вашей карте.

Ну у шведбанка банкомат больше 750 за раз не даёт, но за несколько раз снять можно хоть 5к , если выствленные лимиты по карте позволяют, но вообще за такими суммами больше пары тысяч уже лучше в отделение.