А если я в этом месяце переходил границу пешком из РФ, а потом решил поехать на машине, пустят меня? В паспорте штамп стоит, что я въезжал (по факту входил) через этот же МАПП. Есть у них отдельно информация каким образом я границу пересекал?)

Инфа есть, ведь вы заполняете декларацию либо без указания топлива и номера машины (пешеход) либо с указанием номера машины и топлива (водитель). Они всё это видят.

Должны пустить. Ибо вы не везли топливо. Но если сама машина уже ездила с другим водителем, вот тут вряд ли.