Будут ли проблемы для въезда двух граждан РФ в Майами, если у у одного виза США стоит в кипрском паспорте, а для граждан шенгена США закрыты , но Кипр вроде и не шенген?

А где вы такое вычитали, что гражданам стран из шенгенской зоны вылет закрыт? Нельзя вылетать из стран ЕС и Великобритании, ограничения ещё с марта 2020, но чтобы именно гражданам был закрыт - впервые слышу. К тому же, некоторые из граждан ЕС живут не в самом ЕС, а в третьих странах.

По правилам в прокламациях написаны ограничения на то, где человек пересекающий границу был в последние 2 недели . Про гражданство речи нет . Если он в последние 14 дней перед вылетом не был в зоне шенгена (пересадка запрещена тоже) или других стран под запретом, а был в россии в посл 14 дней и летит напрямую , тогда you are good.