Если прилететь в Ригу с эстонской визой и билетом на дальнейший рейс в Таллин, но с намерением сесть на другой внутришенгенский рейс , а его не «выпустили» из транзитной зоны?

Вы опять же путаете самого себя. Посадка что в Таллин, что Вдругойшенгенский город - идёт из шенгенской чистой зоны. Из транзитной зоны вы можете улететь в Россию, Израиль, Стамбул и Великобританию. Если у вас есть билет в Таллин и прививка (а также наличные, медицинская страховка и бронь ночлега) – вас пустят в шенгенскую зону. Другое дело, что если, гипотетически, у вас есть билет Рига-Таллин, а вы летите Рига-Берлин и не приходите на посадку на Таллин , вас там по фамилии кричат раза три на весь аэропорт, а вы идете через час на посадку на Берлин и там же сажают те же самые девочки , и они такие " о, это же крендель которого час назад искали" и проверят все ваши основания на Берлин. А если вы идете на стойку "трансфер" ЭирБалтика и отменяете билет Рига-Таллин то теоретически девочка ЭирБалтика может куда позвонить погранцам и сказать что тут нелегал в порту решил остаться. Но это так, мысли. Я лично подходит к стойке, отменял посадочный , говорил что передумал лететь, и просил вернуть разницу в цене билета)) правда там ничего обычно не возвращается.

Я не вижу противоречий. Если у вас есть багаж, то его отправят на рейс в Таллин. А когда вы туда не явитесь, рейс задержат, начнут искать вас багаж, его выгружать, а вы получите претензии от авиакомпании из-за вынужденной задержки рейса. .