Собираюсь ехать на люкс экспрессе Таллин - СПБ и через 10 дней обратно. На границах у пассажиров автобуса водитель собирает все паспорта кучей, да?

Эстония - обычно погранец сам зайдёт, РФ - со своим паспортом сами ногами топаете в павильон с будками погранцов.

Водитель ничего не собирает - документы в автобусе собирает полицейский непосредственно на посту, он же предварительно сверяет личности. Он же после оформления раздаёт обратно. Ну или пригласит вас на выход (с вещами). Переживать не надо - они ничего не теряют. Но это если оформление без выхода из автобуса, а так - вещи/документы в руки и Велком на оформление ножками.

Ни разу не теряли и тут вдруг именно ваш потеряет...