Можно ли на bunq получать зарплату до регистрации самозанятого? И нужно ли в этом случае платить налоги?

Если вы налоговый резидент Португалии, то вы обязаны регистрировать ИП для любой коммерческой деятельности (если вы не по трудовому контракту работаете). Если ещё не НР, то можете работать по идее, но в конце года этот доход все равно в IRS вписывать, если вы станете НР.