турагентство кого-нибудь просило доплачивать за тур в связи со сменой авиакомпании. Правомерно ли это?

Правомерно. Это требование туроператоров. Доплаты произошли из за уменьшения полётной программы , многих пересадили на другие рейсы и даже авиакомпании , плюс сейчас сам полёт дольше по времени , что влечёт за собой доп затраты.

Думаю, что нет. В договоре у вас этого не было. Это риски туроператора.